Người Pháp lần đầu tiên gặp người Mitsogo vào năm 1857, khi đó dân tộc này có tổng cộng khoảng 5000 người. Họ trở nên nổi tiếng nhờ kỹ năng sản xuất sắt và vải.[1] Vào những năm 1890, các gia tộc nói tiếng Tsogo ở các quận Matèndè, Dibuwa và Waka dọc theo sông Ikoy đã đụng độ với quân xâm lược Kele. Người Kele đã bắt làm tăng số lượng phụ nữ và trẻ em của họ bằng khả năng sinh sản của họ. Do đó, các gia tộc Mitsogo định cư ở các quận đó có các gia tộc nói tiếng Punu và Apindji.[3]

Năm 1899, người Pháp đã thành lập một đồn quân sự và sứ mệnh Công giáo La Mã trong khu vực và người Mitsogo hoàn toàn nằm dưới sự kiểm soát của họ.[1] Vào đầu thế kỷ 20, Mitsogo xung đột với người Bakele. Họ đã bắt đầu một cuộc kháng chiến mạnh mẽ vào năm 1907, với gia tộc Mitsogo-Kamba, chiến đấu trong trận chiến khốc liệt với Bakele gần Núi Motende. Cuộc xung đột củng cố danh tính của Tsogo.[3] Người đứng đầu Mitsogo Mbombe đặc biệt nổi tiếng vì sự chiến đấu vì tự do chống lại Pháp. Một cuộc nổi dậy lớn đã nổ ra vào năm 1904. Cuối cùng ông ta bị bắt vào năm 1913 và bị xử tử tại nhà tù ở Mouila.[4]